Historia Szpitala sięga lat 1944-1947, gdzie w przedwojennym „pensjonacie Europa” funkcjonował Wojskowy Szpital Lotniczy.
Posiadał 200 łóżek i oddziały: wewnętrzny, chirurgiczny, okulistyczny, neurologiczny, laryngologiczny i skórno-weneryczny. W roku 1949 po remoncie i adaptacji pomieszczeń, uruchomiono w dawnym pensjonacie Europa i na posesji Rysinek przy ul. B. Prusa 7, Szpital Przeciwgruźliczy MBP, następnie po przyłączeniu Szpitala Przeciwgruźliczego MBP z ul. Warszawskiej 5, utworzono Sanatorium Przeciwgruźlicze MSW na 210 łóżek, wyposażone w odpowiednie zaplecze gospodarcze, etaty lekarskie i pielęgniarskie, rentgen, laboratorium bakteriologiczne i analityczne, aptekę i zespół pracowników obsługi.
Od 1959 roku Sanatorium stopniowo modernizowało się i zmieniało profil stosownie do epidemiologii schorzeń układu oddechowego. Zbudowano skrzydło przy pawilonie Europa, w którym zorganizowano liczący 80 łóżek Oddział Pulmonologiczny z odpowiednim wyposażeniem. Zatrudniono wysoko kwalifikowany personel lekarski i średni zgodnie z potrzebami klinicznymi. O lokalizacji zakładu, w którym widziano niewątpliwie punkt wyjścia dla przyszłego sanatorium, zdecydowała sława Otwocka jako uzdrowiska. Otwock, jako jedno z najbardziej znanych przedwojennych uzdrowisk przeciwgruźliczych dysponował (i dysponuje nadal) doskonałymi warunkami klimatycznymi.
Nieistniejąca już willa 'Rysinek’ przy ulicy Prusa 6. Jeden z budynków ówczesnego Szpitala MSW.
W pierwszej połowie lat sześćdziesiątych, w wyniku wielokierunkowej walki z gruźlicą nastąpiła wyraźna poprawa sytuacji epidemiologicznej, co zaowocowało reorganizacją Szpitala i przekazaniem części obiektów i terenu władzom miejskim. Pod koniec lat 90. XX wieku szpital miał 122 łóżka na trzech oddziałach, salę intensywnego nadzoru, pracownię bronchofiberoskopową i onkologiczną, pracownię diagnostyki laboratoryjnej, pracownię rtg i fizykoterapii, pracownię EKG i pracownię testów skórnych. Ogromnym zainteresowaniem cieszyły się zajęcia rehabilitacyjne.
Do końca lat dziewięćdziesiątych Szpital funkcjonował w strukturze Ministerstwa Spraw Wewnętrznych i Administracji jako placówka ukierunkowana na leczenie chorób płucnych. Wprowadzenie reformy służby zdrowia, usamodzielnienie zakładów opieki zdrowotnej oraz wprowadzenie nowych, skuteczniejszych metod leczenia chorób płuc niewymagających długotrwałych hospitalizacji Pacjentów wymogło na Szpitalu konieczność przeprowadzenia reorganizacji oraz całkowitego przeprofilowania działalności placówki. Ponadto Szpital nie posiadał własnego zaplecza diagnostycznego. Po przeprowadzeniu analizy potrzeb resortu spraw wewnętrznych, Pacjentów nowoutworzonej Branżowej Kasy Chorych oraz możliwości Szpitala postanowiono ukierunkować działalność Szpitala na leczenie uzależnień, nerwic oraz opiekę długoterminową.
Wychodząc naprzeciw potrzebom społeczeństwa oraz zapotrzebowaniu na usługi rehabilitacyjne w 2006 roku przekształcono Zakład Pielęgnacyjno-Opiekuńczy i na jego bazie utworzono Oddział Rehabilitacji Ogólnoustrojowej.
Aktualnie podstawowym celem Szpitala jest organizowanie i prowadzenie działalności leczniczej w zakresie zaburzeń nerwicowych, uzależnień oraz rehabilitacji ogólnoustrojowej. Cel ten jest realizowany poprzez prowadzenie profilaktyki leczenia uzależnień, prowadzenie detoksykacji w pełnym zakresie, prowadzenie diagnostyki i leczenie zaburzeń psychicznych, prowadzenie analizy stanu zdrowia, pielęgnację i rehabilitację w zakresie układu mięśniowego i nerwowego, udzielanie świadczeń konsultacyjnych z zakresu psychiatrii i psychologii. Szpital organizuje również działalność w zakresie kształtowania postaw i zachowań prozdrowotnych, organizuje i prowadzi szkolenie dla psychologów z zakresu leczenia uzależnień.
Samodzielny Publiczny Zespół Zakładów Opieki Zdrowotnej Szpital Specjalistyczny MSWiA z siedzibą w Otwocku w obecnej formie utworzony został na podstawie ustawy z dnia 30 sierpnia 1991 roku o zakładach opieki zdrowotnej (Dz.U. Nr 91 poz. 408 z późn. zm.), rozporządzenia Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji z dnia 9 października 1998 roku w sprawie szczegółowych zasad tworzenia, przekształcania, likwidacji, organizacji, zarządzania i kontroli zakładów opieki zdrowotnej utworzonych przez Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji (Dz. U. Nr 132 poz. 870) oraz statutu SP ZZOZ Szpitala Specjalistycznego MSWiA w Otwocku z dnia 2 czerwca 1998 roku. Nadzór nad Szpitalem sprawuje Minister Spraw Wewnętrznych i Administracji
